Прежде, чем приступить к рассмотрению особенностей налогообложения НИОКР и определению уровня налоговой нагрузки на научные организации, необходимо выбрать способ расчета налоговой нагрузки. Существуют несколько вариантов. Министерство Финансов РФ предлагает рассчитывать уровень налогового бремени как отношение налогов к выручке (без учета НДС). Предлагается также рассчитывать налоговое бремя как долю налогов в валовом внутреннем продукте. В научной литературе чаще всего встречается способ исчисления налогового бремени как доли налогов в добавленной стоимости. Последний способ (с некоторыми различиями) применяют в своих работах С.В. Барулин, М.И. Литвин и многие другие. Вместе с тем можно сказать, что единого и общепринятого способа исчисления налоговой нагрузки не существует. Выбор какого-либо из описанных способов зависит от того, в связи с какими другими экономическими показателями и (или) процессами рассматривается показатель налоговой нагрузки.
Расширение научно-технического производства напрямую зависит от наличия у научной организации свободных средств. Проблему можно сформулировать так: необходимо выбрать такой способ исчисления налоговой нагрузки, который позволил бы отслеживать взаимосвязь между уровнем налоговой нагрузки и величиной свободный средств, остающихся в распоряжении организации. Очевидно, такая формула как «доля налогов в выручке» для этой цели неприемлема; «доля налогов в добавленной стоимости» может быть использована, однако потребует дополнительных расчетов, что затруднит моделирование, поэтому ее использование представляется нецелесообразным. Для целей настоящего исследования предлагается воспользоваться другим методом, сущность которого разъясняется ниже.
Доход, полученный организацией, распределяется на три части: на покрытие производственных затрат, на обязательные платежи и часть, остающуюся в распоряжении организации. Из первой части организация оплачивает заработную плату, материалы, работы и услуги производственного характера, командировочные и иные подобные расходы, делает амортизационные отчисления. Первой частью дохода организация не может распоряжаться произвольно, для осуществления процесса простого воспроизводства организация обязана производить и оплачивать все перечисленные затраты. Вторая часть расходуется на оплату налогов: ЕСН, налога на имущество, налога на прибыль и остальных прямых налогов. Этой частью организация также не может распоряжаться произвольно, не нарушая закона. Третья часть, т.е. доход за вычетом производственных расходов и обязательных платежей, составляет ту единственную долю, которой организация может распоряжаться по собственному усмотрению. Из этой части могут быть оплачены дополнительные производственные расходы, благодаря чему произойдет расширение производства. Эта часть может быть израсходована и на непроизводственные нужды, например, на премии, материальную помощь и социальное обслуживание работников, на приобретение какого-либо непроизводственного имущества, на благотворительность и т.п.; в этом случае будет продолжаться простое, а не расширенное воспроизводство. Чаще всего организация направляет часть средств из третьей части на производственные, а часть на непроизводственные цели.
Если рассматривать доходы, полученные за любой ограниченный отрезок времени, в целом, не разделяя их по более мелким периодам, можно отметить, что величина первой части является стабильной, т.е. для производства установленного количества продукции (работ, услуг) и получения установленной суммы дохода необходимо осуществить затраты в установленной сумме. А вторая и третья части дохода в зависимости от условий налогообложения могут колебаться: повышение налогов приведет к увеличению второй части и уменьшению третьей на ту же сумму, и наоборот, снижение налогов приведет к увеличению третьей части за счет сокращения второй.